Все сорта Апоногетона мадагаскарского требовательны к своему уходу и условиям содержания, не рекомендуются начинающим аквариумистам. Растение предпочитает бедные (!) питательными веществами субстраты, но при этом содержать достаточное количество железа. В чрезмерно удобренном грунте листья покрываются тёмными пятнами и постепенно отмирают. Обязательно присутствие корней других растений, способствующие лучшему укоренению Апоногетона, а также не дают ему сильно разрастаться. Оптимальная температура не должна превышать 24°С иначе рост будет замедлен или вовсе остановится. Введение углекислого газа обязательно.

Образует клубень, накапливающий в себе питательные вещества. Он не должен быть полностью погружённым в субстрат. В литературе часто встречается информация, что растению периодически в ходит в состояние «покоя», сопровождающееся опаданием листьев. В природе это явление происходит при ухудшении условий внешней среды и таким образом растение защищается от негативных факторов. Однако, в сбалансированной экосистеме аквариуме, подобное происходить не должно. Полное опадение листьев вероятно будет свидетельствовать о гибели растения. Недостатки в содержании могут не проявятся и Апоногетон мадагаскарский продолжит выглядеть вполне здоровым. Так продлится пока не исчерпаются ресурсы клубня и тогда растение быстро завянет.