Является полностью водным растением. Формирует стелющееся корневище от которого вырастают длинные прямостоячие стебли с линейными тупоконечными листьями, расположенными одиночно на каждой мутовке. Листовая пластинка полупрозрачная длиной 2.5–6 см и шириной от 1 до 3.5 см. В природе Рдест пронзеннолистный способен вырастать до 6 метров высоту. При достижении поверхности образует короткий колосок около 3-х см в длину. В отличие от других близкородственных видов, плавающие листья отсутствуют.

В силу своих размеров прежде всего считается растением для пруда, нежели для аквариума. Применим только в очень крупных резервуарах для размещения на заднем фоне. Неприхотлив, прекрасно приспосабливается к различным гидрохимическим условиям и температурам воды. Для здорового роста необходим питательный грунт достаточной глубины (20–30 см.).